在12月的第二周，中国大陆接连检出两例新冠病毒奥密克戎变种病例，我们想要锁定这个变种，对病毒进行基因测序，就是那个“金标准”。用测序锁定病毒的故事，可参考我们去年年初的文章《14天锁定新冠肺炎元凶背后，是14年的技术竞赛》。同为冠状病毒的“非典型肺炎”袭击人类时，我们还没有用上今天成熟的基因测序工具；而在新冠病毒来临时，我们得以在短短十几天里锁定病毒，这是生物技术的进步。
过去的两年里，测序工具为我们编织出病毒的变异谱系，也让流行病调研有了更科学的证据。
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在上世纪70年代，弗雷德里克·桑格（FrederickSanger）发明了一种基因测序方法，并以自己的名字命名，而这也为他带来了第二块诺贝尔奖牌。简单地理解桑格测序是这样的：DNA由一块块颜色各异的积木（脱氧核糖核酸）组成，每块积木手拉手形成一条长链。桑格则在积木拼接过程中混入只有一只手的积木，长链就会在此中断，从而得知长链中每个位置分别是什么样的积木，也就是DNA的序列。
也许不必知道这么仔细，只需要知道它是一种准确，但低效且昂贵的方法。大名鼎鼎的“人类基因组计划”始于年，便是用桑格测序一点点摸清人的DNA，它最终耗时13年、烧了30亿美元才初步完成人类的全基因测序。
而在人类基因组计划完成的同一年（），“非典”来袭，我们最终确认这个新型病毒，也是靠基因测序——当然，病毒的RNA比起人类的DNA要简单得多。
人类基因组计划测序完成之后，整理数据与公布结果又花去了五年时间。但就在这五年间，另一种基因测序的方法进入了产业，给一个人做基因测序的时间缩短到四个月，它被称作“下一代基因测序”或“第二代基因测序”（Next-GenerationSequencing，NGS）。在NGS发展十几年后，这个数字已经缩短到了1-10天。
当然，高效率不是一蹴而就的，让NGS测序成功落地，还要感谢信息技术的突破。
数据的瓶颈
我们还需要再往回看看——年，NGS诞生不久，早期的NGS测序仪还只能检测大肠杆菌等简单的生物，原因就是人类基因组的数据过于庞大，超越了当时系统的处理能力。
这个问题源于NGS测序的原理。市场上有几家NGS测序仪公司，他们的技术路线略有不同，但大致的原理都是接近的：
一、先把基因组复制一批，然后打成一堆碎片（想象一下，一个分子“搅拌机”），每个碎片可能有几十到几百个碱基序列，这个长度被称作“读长”（bp），然后需要对这些碎片做一些简单的处理，准备送进测序仪检测；
二、把这些碎片分别进行测序，当然，一次可以同时测非常多个序列，看看测序仪巨头illumina